作为科幻美剧史上不可逾越的里程碑，《X档案》以其庞大复杂的世界观吸引了数代观众。全剧剧情主要分为两大分支：独立成章的“每周怪物”与贯穿全剧的“外星殖民神话”。对于许多想要重温或入坑的观众而言，一份条理清晰的x档案主线剧情完整梳理，是看懂这一跨越二十余年阴谋史诗的关键钥匙。 主线剧情的核心驱动力始于特工福克斯·穆德对童年妹妹被绑架事件的执念，以及联邦调查局对超自然悬案“X档案”的封存调查。理性严谨的法医黛娜·斯考利被指派作为监视穆德的搭档，两人却在接连不断的超常事件中结成了生死不渝的联盟。早期x档案剧情逐渐揭开了一张深不可测的政治阴谋网——以神秘的“吸烟人”为核心的影子政府高层组织“辛迪加”，早在数十年前就已获悉外星文明的存在，并秘密与外星殖民者达成了灭绝人类的妥协协议。

随着剧情深入，外星生物的原生形态“黑油”浮出水面。黑油兼具外星生命休眠体与精神控制病原体的双重属性，是外星文明实施殖民入侵的核心武器。面对不可逆转的灭绝倒计时，辛迪加表面上顺从外星势力，暗中利用被绑架的人类样本进行人类与外星人的基因杂交实验，试图通过制造免疫杂交体为人类保留血脉，穆德的妹妹萨曼莎以及斯考利本人都成为了残酷实验的受害者。 剧集行至中期，外部反叛外星势力的介入打破了原有的恐怖平衡。没有面容特征的反抗军开始定点猎杀辛迪加高层，辛迪加研制出的黑油疫苗也让多方阵营陷入内耗。在第六季的高潮阶段，辛迪加集团被反抗势力近乎全歼，旧有的阴谋体系瓦解，但外星殖民的阴影并未散去，主线剧情由此转向更为隐蔽的替代战略——“超级士兵”。

在后半段x档案剧情中，外星基因改造的超级士兵潜伏于军政系统各要害部门，其身体几近不坏，彻底取代了原本的辛迪加组织。与此同时，斯考利奇迹般诞下具有特殊能力的儿子威廉，这个孩子被预言为决定人类生存或灭亡的枢纽。穆德在第九季历经重重审判与追杀，最终获悉外星势力全面清洗地球的最终预定日期是2012年12月22日。 到了数年后的重启季，剧情迎来了极具现实讽刺意味的剧烈反转：穆德与斯考利赫然发现，所谓的2012外星入侵预言可能是一场巨大的战略欺骗，真正的灭顶之灾源于人类菁英阶层的贪婪。吸烟人利用外星科技改良炭疽等致命病原体，企图在地球生态崩溃前夕主动淘汰底层人口，独占改造后的全球资源。两位主角在守护儿子威廉与挽救全人类的道路上再次亡命奔走，为这部跨越数十载的主线史诗画上了壮烈而未完的惊叹号。